Środki zgromadzone na rachunku VAT są w ograniczonej dyspozycji jednostki posiadającej go. Nie wyklucza to jednak możliwości dysponowania nimi, przy czym rachunek ten może być obciążony wyłącznie w określonym celu, np. wpłatą na rachunek urzędu skarbowego podatków i należności celnych. Ponadto podatnik ma pełną możliwość dokonywania przekazania tych środków w ramach wszystkich swoich rachunków VAT, a także może wystąpić do do naczelnika urzędu skarbowego o ich uwolnienie.