Zmiana miejsca zamieszkania lub siedziby podatnika, a niekiedy także miejsc wykonywania działalności, wiązać się może ze zmianą właściwości miejscowej organu podatkowego. Zasadą wynikającą z art. 18 § 1 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (dalej: O.p.) jest, że jeżeli w trakcie roku podatkowego lub określonego w odrębnych przepisach innego okresu rozliczeniowego nastąpi zdarzenie powodujące zmianę właściwości miejscowej organu podatkowego, organem podatkowym właściwym miejscowo za ten okres rozliczeniowy pozostaje ten organ podatkowy, który był właściwy w pierwszym dniu roku podatkowego lub okresu rozliczeniowego.

Wszczęcie postępowania egzekucyjnego na same koszty upomnienia generuje dalsze koszty egzekucyjne, dlatego właściwsze jest zaspokajanie tych kosztów wraz z wpłatą na należność główną. Wobec tego w Ordynacji podatkowa istnieje ustawowy obowiązku zaliczania przez organy podatkowe dokonanej wpłaty w pierwszej kolejności na poczet kosztów doręczonego upomnienia.

Zgodnie z zasadą ogólną, wyrażoną w art. 3 ust. 4 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych, jeżeli nieruchomość lub obiekt budowlany stanowią współwłasność lub znajdują się w posiadaniu dwóch lub więcej podmiotów, to są odrębnym przedmiotem opodatkowania, a obowiązek podatkowy od nieruchomości lub obiektu budowlanego ciąży solidarnie na wszystkich współwłaścicielach lub posiadaczach. Oznacza to, że organ podatkowy może domagać się zapłaty podatku w pełnej wysokości od całej nieruchomości od któregokolwiek ze współwłaścicieli lub współposiadaczy.

Krajowy System e-Faktur (KSeF) jest system teleinformatyczny, który umożliwia wystawianie i otrzymywanie faktur drogą elektroniczną (faktur ustrukturyzowanych), prowadzonym i udostępnianym przez organ podatkowy, którego językiem urzędowym jest język polski. Obowiązek stosowania języka urzędowego przez organ podatkowy obsługujący KSeF nie przekłada się jednak bezpośrednio na podmioty korzystające z tego systemu.

Kontrola podatkowa jest podstawową procedurą kontrolną organów podatkowych. Jej zakres określają art. 281-292 Ordynacji podatkowej. Kontrolę tę przeprowadzają organy podatkowe u podatników, płatników, inkasentów oraz następców prawnych.

W projekcie, opublikowanym na stronie Rządowego Centrum Legislacji, przewidziano uzupełnienie zasady, która zobowiązuje organy podatkowe do podejmowania w toku postępowania podatkowego wszelkich niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy w postępowaniu podatkowym (zasada prawdy obiektywnej). Do treści tego przepisu ustawodawca proponuje dodać zasadę, że niedające się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego rozstrzyga się na korzyść strony.

Podatnicy zgłaszają problem związany z nieprawidłowym funkcjonowaniem w urzędach skarbowych systemu obsługującego księgowanie podatków. Problem dotyczy podatników, wobec których organy podatkowe w toku prowadzonych postępowań podatkowych wydają decyzje określające wysokość zobowiązań podatkowych m.in. w podatkach dochodowych czy też w podatku od towarów i usług, zaś podatnicy składają odwołania od decyzji. System po wydaniu decyzji rozpoczyna naliczanie odsetek od zaległości podatkowych w czasie rzeczywistym, co oznacza, że system "nie widzi" i "nie rozpoznaje" sytuacji związanych z zawieszeniem biegu odsetek. 

Artykuł 31 Ordynacji Podatkowej nakłada na osoby prawne oraz jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej, będące płatnikami lub inkasentami obowiązek wyznaczenia osoby (osób), do których obowiązków należy obliczanie i pobieranie podatków oraz terminowe wpłacanie pobranych kwot. Dane tych osób powinny zostać zgłoszone do właściwego miejscowo organu podatkowemu. Oczywiście najczęściej tymi osobami są księgowi.

Organy podatkowe zmieniły podejście do zasady look through approach przy poborze podatku u źródła od należności wypłacanych pośrednikowi. Twierdzą, że obecnie nie trzeba jej stosować i można dokonywać kwalifikacji podatkowej bez oglądania się na rezydencję beneficjentów rzeczywistych. Zielone światło na taką praktykę dał minister finansów.