Z założenia KSeF ma przynieść zarówno przedsiębiorcom - podatnikom, jak i organom administracji publicznej wiele korzyści z wprowadzenia takiego rozwiązania. W praktyce jednak wśród przedsiębiorców pojawiają się coraz liczniejsze wątpliwości związane z obligatoryjnym wprowadzeniem KSeF. Przede wszystkim wątpliwości te związane są z koniecznością posiadania przez przedsiębiorców profilu zaufanego ePUAP lub elektronicznego podpisu kwalifikowanego, które są niezbędne do założenia i wystawiania faktur w systemie KSeF. Kolejnym problemem, który zauważyli przyszli użytkownicy systemu KSeF, jest kwestia samofakturowania.