Ministerstwo Finansów i Prezes Urzędu Ochrony Danych Osobowych określili 1 sierpnia 2018 r. zasady współpracy audytora wewnętrznego i inspektora ochrony danych w jednostkach sektora publicznego. Zadaniem zarówno inspektora ochrony danych, jak i audytora wewnętrznego jest wspieranie kierownika jednostki sektora finansów publicznych w zgodnej z prawem realizacji celów i zadań tej jednostki. Dlatego działania audytorów wewnętrznych i inspektorów ochrony danych powinny być komplementarne.